根據《國家臨床醫學研究中心管理辦法（2017年修訂）》和《國家臨床醫學研究中心運行績效評估方案（試行）》的的規定和要求，科技部、國家衛生健康委、中央軍委后勤保障部、國家藥監局對建設期已滿三年的國家臨床醫學研究中心進行了運行績效評估，現將評估結果予以公示，公示時間為2019年10月29日至11月13日。
| 中心名稱 | 依托單位（按單位筆畫排序) |
| 評估結果優秀類 | |
| 國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心 | 廣州醫科大學附屬第一醫院 |
| 國家代謝性疾病臨床醫學研究中心 | 上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院 |
| 國家慢性腎病臨床醫學研究中心 | 中國人民解放軍總醫院 |
| 國家心血管疾病臨床醫學研究中心 | 中國醫學科學院阜外醫院 |
| 國家惡性腫瘤臨床醫學研究中心 | 中國醫學科學院腫瘤醫院 |
| 國家神經系統疾病臨床醫學研究中心 | 首都醫科大學附屬北京天壇醫院 |
| 評估結果合格類 | |
| 國家慢性腎病臨床醫學研究中心 | 中國人民解放軍東部戰區總醫院 （原南京總醫院） |
| 國家婦產疾病臨床醫學研究中心 | 中國醫學科學院北京協和醫院 |
| 國家代謝性疾病臨床醫學研究中心 | 中南大學湘雅二醫院 |
| 國家精神心理疾病臨床醫學研究中心 | 中南大學湘雅二醫院 |
| 國家惡性腫瘤臨床醫學研究中心 | 天津醫科大學腫瘤醫院 |
| 國家婦產疾病臨床醫學研究中心 | 北京大學第三醫院 |
| 國家精神心理疾病臨床醫學研究中心 | 北京大學第六醫院 |
| 國家婦產疾病臨床醫學研究中心 | 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院 |
| 國家消化系統疾病臨床醫學研究中心 | 空軍軍醫大學第一附屬醫院 （原第四軍醫大學西京醫院） |
| 國家慢性腎病臨床醫學研究中心 | 南方醫科大學南方醫院 |
| 國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心 | 首都醫科大學附屬北京兒童醫院 |
| 國家消化系統疾病臨床醫學研究中心 | 首都醫科大學附屬北京友誼醫院 |
| 國家心血管疾病臨床醫學研究中心 | 首都醫科大學附屬北京安貞醫院 |
| 國家精神心理疾病臨床醫學研究中心 | 首都醫科大學附屬北京安定醫院 |
| 國家消化系統疾病臨床醫學研究中心 | 海軍軍醫大學第一附屬醫院 （原第二軍醫大學長海醫院） |
如對公示對象的績效評估結果有異議，可以向科技部書面反映。凡以單位名義反映情況的材料要加蓋單位公章，以個人名義反映情況的材料要具實名并附聯系方式。反映情況的材料要客觀準確、依據確鑿，對匿名或無具體事實根據的舉報，不予受理。
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